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元治元年(1864)12月11日、水戸天狗党は木ノ芽峠を越えて、新保村(敦賀市新保)に到着し、葉原村(敦賀市葉原)に陣どる加賀藩と対峙することとなります。しかし、交戦を望まない水戸天狗党は戦闘を避けようと加賀藩と交渉を重ねます。

　この交渉が行われたのが、武田耕雲斎本陣跡の建物です。もともとは当時問屋を経営していた塚谷家の屋敷の一部で、小規模ながら書院造となっており、門・式台・下段の間・上段の間を備えており、式台の柱上の三ツ斗の組物が特徴的な建物となっています。