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祭神は桓武天皇の皇子、崇道天皇(早良親王)。政争に巻きこまれ、いわれなく死に追いやられた早良親王のたたりをおそれ霊を鎮めるために、全国の国司に御霊神社の建立の詔勅が出されたといいます。総社、国分寺と同じように御霊神社があるのは、その地に国府があった証拠といわれています。